En Atapuerca se ha encontrado el eslabón intermedio entre el Homo ergaster y el Homo heidelbergensis del que también se han encontrado restos en Atapuerca (además del Neanderthal), y que veremos posteriormente. Se trata de Homo antecessor, el primer homínido europeo cuyos restos se ha encontrado solamente en Atapuerca. Este homínido tiene una antigüedad aproximada de 1.200.000 años. Sus restos más antiguos se han encontrado en el yacimiento denominado Sima del Elefante y en la Gran Dolina. Su hallazgo ha abierto una nueva visión de la evolución humana, ya que se pensaba que ésta descendía del Homo erectus. Asimismo, su hallazgo revela que eran caníbales.
Además, se descubrió gran cantidad de fósiles de Homo heidelbergensis en la denominada Sima de los Huesos. Entre los más de 30 individuos destaca un cráneo, al que han bautizado con el nombre de Miguelón. Actualmente se baraja la hipótesis de que la Sima de los Huesos es una prueba del comportamiento simbólico, quizás funerario. Esta hipótesis ha sido apoyada por el hallazgo de un hacha que se la llamó Excalibur.
En Atapuerca se han encontrado además restos de animales. Se han encontrado restos de hipopótamos, rinocerontes, cérvidos, équidos, mamuts, felinos dientes de sable del género Homotherium, osos, lobos, leones y bisontes. Uno de los yacimientos más importantes es la Galería, que hace miles de años constituía una trampa natural por la que los animales caían y no podía escapar de ahí, convirtiéndose en un suculento manjar para los depredadores.
Debido a su importancia arqueológica Atapuerca fue declarada por la UNESCO en el año 2000 como Patrimonio de la Humanidad.
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